Madrasah Tsanawiyah Al Wathoniyah 43 Jakarta adalah sekolah di bawah pembinaan Kementerian Agama setingkat SMP dengan memberikan pelayanan pengetahuan umum yang sama dari Departemen Pendidikan Nasional, ditambah dengan kurikulum agama dan muatan lokal dari Kementerian Agama. Madrasah Tsanawiyah Al Wathoniyah 43 Jakarta dibangun tahun 1995. MTs Al Wathoniyah merupakan salah satu lembaga pendidikan dibawah naungan Yayasan Al Wathoniyah 43.

     MTs Al Wathoniyah 43 didirikan pada tahun 1995 oleh yayasan pendidikan Al Wathoniyah 43 yang diketuai oleh KH. Mulki bin H. Dhalih.
Pada awal pendirian MTs Al Wathoniyah 43 hanya memiliki satu rombongan
belajar dengan jumlah siswa yang masih minim. Sarana prasarana juga masih sangat sederhana dan terbatas dan masih bergabung dengan lembaga lain yang tergabung dalam yayasan pendidikan Islam Al Wathoniyah 43 antara lain dengan lembaga SMP dan Madrasah Aliyah

     Namun dengan semangat (Nilai jihad ) yang tinggi, dukungan serta doa dari seluruh pengurus, yayasan, kepala madrasah, guru, peserta didik, dan tokoh masyarakat, dan didukung oleh adanya izin pendirian yang diperoleh dari Kementerian Agama Kota Jakarta Utara pada tanggal 26 September 1995. seiring dengan perkembangan MTs Al Wathoniyah 43 kini jumlah rombelnya berjumlah lima rombel, kebutuhan untuk semakin mandiri dalam hal manajemen dan kebijakan dan berusaha mengikuti perkembangan menuju madrasah digital..

     Secara geografis Madrasah Tsanawiyah Al Wathoniyah 43 berada di wilayah yang sangat strategis, MTs Swasta yang berada di Kelurahan Rorotan Kecamatan Cilincing Jakarta Utara dan sekitar tahun 1995 untuk pertama kalinya berdiri MTs Al Wathoniyah 43 . Hal ini tentu menjadi tantangan tersendiri bagi MTs Al Wathoniyah 43, untuk tumbuh menjadi sekolah yang berkualitas dan memiliki keunggulan khusus dan banyak diminati oleh masyarakat sekitar.

     Dari tahun 1995 Madrasah Tsanawiyah Al Wathoniyah 43 dipimpin oleh kepala Madrasah yang handal yakni Ust. H. Magfiroh, S. Pd sampai tahun 2019 menjelang masa pensiunnya, kemudian di tanggal 7 Januari 2019 adanya serah terima jabatan ke Dra. Hj. Munawaroh dengan SK. Yayasan Nomor: Yas/Wath-43/01/Kep/01/2019.

     Lembaga MTs Al Wathoniyah 43 sudah berjalan selama 29 tahun lebih.Sebuah usia atau masa perkembangan lembaga yang sudah cukup panjang. Perkembangan MTs Al Wathoniyah 43 tentu seperti layaknya lembaga lainnya tidak serta merta langsung besar, lengkap dan matang, namun diawali dengan proses sederhana dan membutuhkan perjuangan yang cukup berat..

     Berbagai permasalahan perkembangan secara bertahap bisa dilalui. MTs Al Wathoniyah 43 Jakarta semakin menata diri, semakin berkembang, baik secara fisik, image, manajemen, Sumber Daya Manusia dan lainnya. Pada tahun 2021 & 2024 dilaksanakan kerja sama dengan bagian saspras dengan bendahara sekolah dan yayasan untuk membagi ruang besar menjadi ruang laboratorium ipa, ruang perpustakaan, ruang guru dan ruang laboratorium komputer. Untuk prestasi akademik dan Non akademik peserta didik terus digali bakatnya untuk mengetahui potensi peserta didik setiap tahunnya.

     Tenaga pendidik dan tenaga kependidikan terdiri PNS dan Non PNS atau
honorer dengan jumlah yang lebih banyak. Iklim kerja semakin baik sehingga
kegiatan pembelajaran dapat berjalan dengan baik. Peran komite madrasah
sebagai wadah para wali murid untuk berpartisipasi dalam memajukan madrasah juga telah terbentuk dan berjalan dengan sangat baik, sehingga banyak program dapat berjalan dengan baik.